Il porto di Arbatax è uno dei maggiori porti della Sardegna ed è principalmente uno scalo mercantile, con grandi banchine e ampie aree di stoccaggio. La struttura è costituita da un molo di levante, da un molo di ponente e da alcune banchine interne adibite prevalentemente al traffico commerciale. Il porto è stato recentemente ampliato per permettere l'attracco dei moderni maxi-traghetto che collegano plurisettimanalmente il centro della Sardegna con Genova e Civitavecchia.
All’interno del porto è situata la Marina di Arbatax che dispone di circa 650 posti barca e può ospitare imbarcazioni fino ad una lunghezza massima di 85 metri. La Marina ha un fondale di oltre 8 metri e grandissimi spazi di manovra per le grosse imbarcazioni.